Iglesia reconstruida con un estilo renacentista-gótico hacia 1430 —en el antiguo lugar del monasterio de San Félix (año 943)— por Rodrigo de Villegas I quien se asentara definitivamente en la villa, siendo primogénito y heredero del solar del I señor de Cóbreces Ruy Pérez de Villegas II y de su esposa Teresa Díaz de Cevallos de la Casa de Cevallos de las Presillas. Los hijos de Rodrigo con Leonor Calderón de Guevara fueron Rodrigo de Villegas II quien heredó más tarde por mayorazgo, y Juan de Villegas I quien sucediera a su hermano por carecer de hijos legítimos. Esta iglesia conserva aún hoy la espadaña románica y la puerta gótica medievales originales (de alrededor del año 1122). La única capilla lateral izquierda la originó el ya citado licenciado Miguel de Villegas hacia 1660 presentando leyenda y blasón familiar, además de un epitafio del teniente general Juan José Villegas. La de la derecha de la nave la fundó Alonso Fernández de Quirós Pomar y del Río Concha Barreda —al mismo tiempo que fundara también la capilla de los Quirós en la iglesia de San Andrés de Santillana, estando enlazado con Elvira Cossío y Velarde, nacida en Toñanes en 1608— también presentando blasón familiar y leyenda. La otra, ubicada al fondo a la derecha y enfrente de la puerta lateral gótica medieval, la fundó Sancho de Obregón pero el blasón que ostenta es de la familia Rivero en quien recayó dicha capilla. Su cementerio tiene un Cristo esculpido por el artista Jesús Otero. Aquí hay numerosas referencias de la familia de Villegas, en escudos y lápidas funerarias, que acreditan su fundación y restauración. Esta antigua parroquia de Cóbreces fue abandonada en 1891, conservándose aún su cementerio.
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