La bahía de Santander, está situada en Cantabria y es el mayor estuario de la costa norte de España, con una extensión de 22,42 km², una longitud de 9 km y una anchura de 5 km. Debido a la influencia de Santander y su área metropolitana, a su alrededor se concentra casi la mitad de la población de la región, por lo que la presión antrópica sobre esta lámina de agua es elevada.
La entrada a la bahía está precedida por la ensenada de El Sardinero, donde se localiza la isla de Mouro. El acceso a su interior se realiza por un estrecho paso de mar situado entre la península de la Magdalena, en cuyas proximidades se sitúan el islote de la Torre y la isla de la Horadada, y el arenal de El Puntal, una larga barra longitudinal de playas y dunas que protege las tranquilas aguas internas de la bahía.
La morfología original de la bahía ha sufrido importantes cambios en los últimos siglos. Se estima que más del 50% de la extensión inicial de ésta ha sido rellenada, desecándose una importante superficie de marisma destinada a pastizales, la ampliación del puerto de Santander y la creación de áreas industriales, residenciales y de servicios. En la actualidad se están llevando a cabo acciones muy puntuales en aquellas zonas de alto valor ecológico susceptibles de ser recuperadas integrándolas de nuevo en la dinámica mareal.
En el espacio interior de la bahía de Santander vierten las aguas varios cursos fluviales. Los más importantes tienen localizadas sus desembocaduras su fondo sur, donde están situadas las rías de Solía, San Salvador cuyas aguas se vacían en el centro de la bahía a través de la ría de Astillero, en su margen este desembocan las rías del Carmen y de Raos y en su margen oeste, lugar en el que se emplaza la ría de Cubas, que es como se denomina a la desembocadura del río Miera.
La bahía de Santander está formado por un diapiro generado durante la orogenia alpina del Período Terciario. Sus materiales están compuestos por arcillas y sales (especialmente yesos) del Keuper que ascendieron aprovechando la existencia de fallas. Este movimiento generó un aumento de la fracturación y un importante arrastre de rocas de las capas superiores. La zona de debilidad generada por las arcillas del Keuper facilitó su erosión respecto a otras áreas de roca arenisca o calcárea, lo que supuso el avance del mar y la formación de la bahía.
La bahía de Santander ha vivido un proceso de reducción de su superficie de agua, en cifras, ha perdido un 55% de área rellenada, un 58% de zona intermareal y un 40% de volumen de agua perdida respecto a los valores originales. Este hecho ha sido totalmente debido a la actividad humana en la zona, la más densamente poblada de toda la región.
El paulatino relleno de la bahía es un proceso complejo en el que se suman la presencia de antiguas balsas de decantación de las actividades mineras en la cuenca del río Miera, la expansión del puerto de Santander y las áreas industriales asociadas, la desecación para aumentar la presencia ganadera y la ocupación del perímetro de la bahía por infraestructuras de comunicación. Algunas de estas superficies rellenas son potencialmente recuperables, aunque para muchas de ellas el proceso es ya irreversible.
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